Grosse Reformen 1588, 1908 sowie 1967 (Paul VI). 1988  folgte Johannes Paul II. mit einer weiteren Neuordnung, der Konstitution „Pastor Bonus“. Er unterteilte u.a. das Staatsse-kretariat in zwei Sektionen : Die Sektion für die Allgemeinen Angelegenheiten (vergleichbar einem „Innenministerium) und die Sektion für die Beziehungen mit den Staaten – früher Rat für die Öffentlichen Angelegenheiten der Kirche) Die geschichtlichen Ursprünge des Staatssekretariats gehen auf das 15. Jh. zurück, am 31. Dezember 1487 als Apostolisches Sekretariat   (Secretaria Apostolica) von Papst Innozenz VII. (1484-1492) eingerichtet.

Da das Staatssekretariat jene Behörde der Römischen Kurie ist, die am engsten dem Papst bei der Ausübung seiner höchsten Gewalt zur Seite steht (vgl. Apostolische Konstitution Pastor Bonus vom 28. Juni 1988) wurde der Leiter dieser Zentralbehörde mit einer bisher nicht gekannten Kompetenz ausgestattet, der unter bestimmten Umständen die Person des Papstes selbst vertritt.Die nach dem Konzil provisorisch eingerichteten Büros, Sekretariate und Kommissionen wurden in Päpstliche Räte umbenannt und damit fest in die Kurie eingefügt (z.B. Päpstl. Rat zur Förderung der Einheit der Christen, für den Dialog mit den Nichtchristen). Für Bischofsernennungen ist nicht mehr das Staatssekretariat, sondern die Bischofskongregation zuständig. Das Staatssekretariat, als Zentralorgan der Kurie,  mit den beiden Abteilungen für die allgemeinen (internen) sowie die äusseren (aussenpolitischen) Angelegenheiten wurde gestärkt, ebenso die Kongregations für die Glaubenslehre, die alle Dokumente auch der übrigen Dikasterien vor Veröffentlichung überprüft, soweit Fragen der Glaubens- und Sittenlehre berührt sind.